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在规模化繁殖技术方面，南城区睡莲种苗基地采用高效的繁殖方式，实现种苗的批量生产。其中，组培快繁技术是主要的繁殖手段之一，通过在无菌环境下培养睡莲的茎尖、南城区叶片等组织，诱导分化出完整的植株，这种方式繁殖速度快，1 个外植体在短期内可繁殖出数百株组培苗，且能有效避免病虫害传播，确保种苗品质均匀；分株繁殖则作为辅助繁殖方式，用于繁殖一些不适宜组培的品种，通过分割母株的块茎，获得带有芽点的种苗，分株繁殖的种苗生长速度快，定植后成活率高。为提高繁殖效率，基地还建立了自动化的育苗系统，实现播种、南城区当地浇水、南城区当地施肥、南城区当地环境调控的自动化操作，减少人工成本，提高生产效率。
南城区睡莲种苗是规模化种植的核心繁殖材料，分分株种苗和播种种苗两类。分株种苗由母株分割而来，生长快、南城区定植 1-2 个月可开花，适合短期项目；播种种苗成本低但生长周期长，需 6-8 个月，适合长期育苗基地。专业基地培育分株种苗时，3-4 月选取健壮母株，分割带 2-3 个芽点的块茎并消毒；播种则春季催芽后播入育苗盘。种苗出圃前需检测根系长度、南城区同城叶片数量等，确保无病虫害，市场价格 0.8-2 元 / 株，依规格和品种有所差异。
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